Berkaitan dengan pandemi Corona atau Covid-19, terhitung mulai 27 Maret 2020, Yayasan Pondok Pesantren Modern Al-Muttaqien Balikpapan menghentikan Kegiatan Belajar Mengajar (KBM) di Pesantren dan Sekolah, baik SMK Nahdlatul Ulama maupun MTs Al-Muttaqien.
Namun kegiatan belajar tetap berlangsung dirumah. Santri dihimbau agar hafalan Al-Qur’an tetap jalan dirumah, memperbanyak berdoa dan dzikir sebagaimana yang sudah rutin dilaksanakan di pesantren bersama keluarga di rumah.
Santri kembali kesantren pada tanggal 25 April 2020 bila kondisi aman.