Jajaran Pengurus Santri Putri Pesantren Modern Al Muttaqien terdiri dari beberapa seksi khusus yang mengurusi keberlangsungan kegiatan santri, khususnya santri putri (santriwati); menegakkan kode etik, tata tertib dan aturan yang berlaku di pesantren; serta memiliki struktur yang terdiri dari para santri senior dibawah binaan dewan asatidzah.