Jajaran Pengurus Santri Putra Pesantren Modern Al Muttaqien terdiri dari beberapa seksi khusus yang mengurusi keberlangsungan kegiatan santri, khususnya santri putra (santriwan); menegakkan kode etik, tata tertib dan aturan yang berlaku di pesantren; serta memiliki stuktur yang terdiri dari para santri senior dibawah binaan dewan asatidz.