Pondok Pesantren Modern Al-Muttaqien Balikpapan atau Yayasan Pondok Pesantren Modern Al-Muttaqien (YPPM) Al-Muttaqien atau Muassasah al-Ma’had al-Haditsiyyah al-Muttaqiin Balikpapan (مؤسسة المعهد الحديثية المتقين باليكببان) merupakan salah satu pesantren modern (khalaf) atau biasa dikenal dengan pesantren al-haditsiyyah atau al-mu’ashirah didalam klasifikasi pondok pesantren.
Sebagai pesantren modern, Al-Muttaqien memiliki jenjang pendidikan formal mulai dari tingkat taman kanak-kanak (Raudlatul Athfal) sampai tingkat menengah atas (SMK), tanpa meninggalkan ciri khas pendidikan pesantren yaitu pengajaran kitab-kitab salaf. Sehingga meskipun modern, Al-Muttaqien berupaya memadukasistem pendidikan pesantren dengan sistem pendidikan pemerintah (formal).
Berdirinya Pondok Pesantren Modern Al-Muttaqien dipelopori oleh Muhammad Anas Mochtar, Maschun Sholeh, Bustani Daeng dan Idrus Sompa. Dalam perkembangan pesantren Al-Muttaqien, KH. Mohammad Anas Mochtar menjadi pengasuh pesantren tersebut hingga wafat, Mei 2017. Maschun Sholeh sebagai Ketua Yayasan Pondok Pesantren Modern Al-Muttaqien, sementara dua orang lainnya sudah wafat terlebih dahulu.
Mulanya membangun langgar Al-Muhajirin di kawasan Gunung Guntur pada tahun 1985. Dibawah Yayasan Pendidikan Islam Al-Muhajirin beroperasi satu pendidikan formal yaitu Madrasah Diniyah Awaliyah. Sehubungan adanya pemugaran langgar Al-Muhajirin menjadi Masjid Al-Muhajirin, kegiatan pendidikan dialihkan ke Langgar Al-Muttaqien tahun 1988 dengan Akta Notaris No. 10 Tahun 1988.. Akhirnya (secara yuridis) berganti nama Yayasan Pendidikan Islam (YPI) Al-Muttaqien.
Keinginan untuk meningkatkan pendidikan dari sekedar sebuah madrasah, pengurus YPI Al-Muttaqien sepakat berganti menjadi Yayasan Pondok Pesantren Modern (YPPM) Al-Muttaqien. Secara resmi terbentuk pada Desember 2001 tepatnya 5 Ramadlan 1422 H, dan mulai membangun asrama sejak Januari 2002 di Jalan Letjend S. Parman RT. 25 No. 26 Gunung Sari Ulu.
Di tempat tersebut, beroperasi Madrasah Ibtidaiyah Al-Muttaqien. Pada masa tersebut, santri pesantren Al-Muttaqien hanya sampai tingkat ibtidaiyah (sekolah dasar) tanpa tinggal di asrama.
Tahun 2005 mulai ada santri yang tinggal di asrama pesantren seiring dengan terbentuknya Madrasah Tsanawiyah Al-Muttaqien Balikpapan. Pasa saat itu, santri kebanyakan berasal dari luar Balikpapan. Santri tingkat tsanawiyah dimasa tersebut adalah generasi awal santri Pondok Pesantren Modern Al-Muttaqien yang tinggal di asrama sekaligus mengikuti pembelajaran Madrasah Diniyyah dan kajian kitab salaf (kitab kuning). Pendidikan formal (kurikulum pemerintah) dan pendidikan pesantren mulai dipadukan.
Tahun 2007, yayasan melakukan pengembangan pesantren dengan membangun gedung baru disebuah lahan bekas sekolah Kosgoro di Jl. Letjend S. Parman No. 47 RT. 22 Sumber Rejo. Gedung baru mulai digunakan operasional tahun 2008 seiring dengan berdirinya SMK Nahdlatul Ulama Balikpapan sebagai kelanjutan dari jenjang pendidikan formal di pesantren Al-Muttaqien.
Dalam perkembangannya, gedung baru digunakan untuk operasional MTs. Al-Muttaqien dan SMK Nahdlatul Ulama sekaligus sebagai pusat kegiatan pendidikan pondok pesantren. Sementara gedung lama digunakan untuk operasional Raudlatul Athfal Al-Muttaqien dan Madrasah Ibtidaiyah Al-Muttaqien Baikpapan. Santri ditingkat MTs dan SMK diwajibkan tinggal asrama pesantren.
Hingga tahun 2017, Pondok Pesantren Modern Al-Muttaqien Balikpapan memiliki lebih dari 400-an santri tingkat Madrasah Tsanawiyah dan Sekolah Menengah Kejuruan (SMK) yang tinggal di asrama pesantren. Sementara santri tingkat Raudlatul Athfal dan Madrasah Ibtidaiyah sekitar 300-an namun tidak tinggal di asrama pesantren. Santri yang tinggal di asrama berasal dari berbagai daerah seperti Balikpapan, Penajam Paser Utara (PPU), Samarinda, Bontang, Sangatta dan lain sebagainya.